Badanie bakteriologiczne może być również wykonywane podczas zabiegu operacyjnego i w tych przypadkach ma na celu stwierdzenie, czy w wydzielinie lub ropie, jeśli wylała się do otrzewnej, nie ma drobnoustrojów chorobotwórczych. Kroplę ropy lub wydzieliny pobiera się za pomocą wypalonego uszka platynowego i po roztarciu na szkiełku podstawowym oraz utrwaleniu barwi się ją najczęściej błękitem metylenowym lub metodą Grama. W ten sposób stwierdzić można w rozmazach bakterie ropne, pałeczkę okrężnicy, prątki gruźlicy lub grzybek promienicy przy użyciu odpowiedniej metody barwienia.
Badanie wydzieliny szyjki macicznej odgrywa dużą rolę w praktyce ambulatoryjnej. Dokonuje się go po odsłonięciu we wziernikach łyżkowych lub rurkowych części pochwowej macicy. Do pobrania wydzieliny z cewki moczowej wystarcza rozchylenie warg sromowych.
Zbadanie flory bakteryjnej może mieć duże znaczenie dla leczenia uplawów, gdyż zależnie od rodzaju znalezionych w pochwie bakteryj stosujemy różne środki lecznicze uważając ich obecność za bezpośrednią przyczynę uplawów. Stwierdzenie bakteriologiczne rzeżączki decyduje z góry o wyborze sposobu leczenia.
Na szczególną uwagę zasługuje badanie doraźne ropy lub wydzieliny zapalnej guzów jajowodowych i jajnikowych, dokonywane podczas zabiegu operacyjnego. Wobec często zdarzającego się pękania, np. guzów przydatków macicy, podczas operacji i wylewania się ich zawartości do jamy brzusznej stwierdzenie bakterii ropnych w zawartości guza decyduje o tym, czy operator ma jamę brzuszną zaszyć na głucho, czy też dokonać jej sączkowania.
Należy podkreślić, że zawartość skórzaków może niekiedy do złudzenia przypominać wydzielinę ropną. Badanie mikroskopowe wykazuje jednak obecność tłuszczu i kryształków cholesterolu, a brak bakterii chorobotwórczych rozstrzyga wątpliwości.